Era Berbagi Data dan Keberhasilan Eijkman Mengurutkan Genom Utuh Virus Corona Indonesia

Sekuensing Genom Utuh Virus Corona

“Today is a very important occasion for Indonesia. The Eijkman Institute has submitted its first three complete genome sequences of the hCoV-19 virus to GISAID – the first ever from Indonesia. Thank you for all your support. Let’s keep up the good work!”-@eijkmaninstitute

https://instagram.com/eijkmaninstitute

Memasuki era berbagi data dan sains trebuka, perkembangan informasi virus corona di Indonesia dapat ditemui hampir di seluruh media mainstream. Mulai dari informasi yang membuat kita semakin waspada, sampai kabar baik dari para peneliti. Temasuk salah satunya keberhasilan Eijkman Indonesia yang mempublikasikan hasil temuannya.

Perlu diketahui bahwa Lembaga Biologi Molekuler Eijkman adalah lembaga penelitian pemerintah. Lembaga ini bergerak di bidang biologi molekuler dan bioteknologi kedokteran. Eijkman bernaung di bawah Kemenristek/BRIN. Nama lembaga ini diambil dari Christiaan Eijkman, peraih nobel kedokteran yang melakukan penelitian mengenai penyakit beri-beri pada tahun 1990an di Batavia [1].

Era beragi data dan keberhasilan Eijkman Gambar 1. Kiriman Eijkman pada laman IG @eijkmaninstitute terkait keberhasilan nya

Era Berbagi Data dan Keberhasilan Eijkman

Kembali kepada fenomena kemudahan ditemukaanya berbagai informasi. Fenomena ini adalah bagian kecil dari manfaat sains terbuka yang mengiringi era berbagi data. Berbagi data adalah praktik pengarsipan data yang digunakan untuk penelitian ilmiah secara publik sehingga tersedia untuk peneliti lain [2].

Untuk COVID-19, telah ada inisiatif global untuk berbagi data. Data yang dibagikan adalah hasil sekuensing DNA berupa data genom virus yang berhasil diurutkan oleh para peneliti dari berbagai negara.

Salah satu inisiatif tersebut adalah Global Initiative on Sharing All Influenza Data (GISAID), database online tempat para ilmuwan di seluruh dunia menyimpan data sekuens genom yang berhasil diurutkan[3]. Inilah platform tempat mempublikasikan keberhasilan Eijkman mengurutkan genom utuh virus corona dari pasien Covid-19 asal Indonesia.

Sekuensing SARS-CoV-2

Struktur Genom SARS-CoV 2Gambar 2. Urutan Genom dan struktur virus SARS-COV 2 oleh Kim, Dongwan dkk.

Sekuensing DNA adalah proses eksperimen menemukan sekuens (urutan) nukleotida (A, C, G dan T) dari sepotong DNA. Urutan tersebut dikenal sebagai sekuens DNA. Sekuens DNA merupakan informasi paling mendasar suatu gen atau genom karena membawa identitas suatu mahluk hidup yang dapat ditelusuri dengan cara membandingkan sekuens-nya dengan sekuens DNA lain yang sudah diketahui [4].

Seperti yang sudah kita ketahui bersama, SARS-CoV-2 adalah virus RNA. Ini artinya teknologi sekuensing DNA tidak dapat secara langsung memecahkan kode urutannya. Namun, para ilmuwan memecahkan kode urutan genomnya dengan terlebih dahulu membalikkan transkripsi RNA virus menjadi DNA komplementer (atau cDNA)[3].

Data disajikan dalam kumpulan urutan genom SARS-CoV-2 disertai informasi sampel. Capaian tersebut menunjukkan bahwa Indonesia mampu berkontribusi dalam upaya penanganan masalah global ini.

Evolusi dan Mutasi Virus

Virus berevolusi dengan cara mutasi. Artinya, ada perubahan dalam kode genetik mereka dari waktu ke waktu. Virus RNA pada umumnya memiliki tingkat mutasi yang tinggi dibandingkan dengan Virus DNA. Proses mutasi ini secara sederhana mirip dengan permainan rantai kata [5]. Misalkan Rani, Nia, Sasa dan Rena berbaris berurutan dari depan ke belakang. Rani memperoleh kata yang harus disampaikan kepada tiga orang lainnya melalui Nia, kata tersebut adalah WAR. Nia menyampaikan kepada Sasa, WAS. Sasa menyampaikan kepada Rena, TEK. Ketika permainan ini berlangsung kata akan berubah bentuk jauh dari aslinya.

Begitu pula virus sebagai materi genetik, kita dapat menganggapnya sebagai kumpulan huruf, dan seiring waktu kumuplan huruf itu bermutasi. Sama seperti permainan rantai kata di atas, SARS CoV-2 akan bermutasi secara acak. Melalui pengurutan (sekuens) genom, peneliti akan mudah menyelidiki bagaimana WAR bisa berubah menjadi WAS, dan seterusnya. Dengan kata lain semakin banyak hasil pengurutan genom virus dari Indonesia yang dipublikasikan, maka akan semakin mudah peneliti menelusuri sejarah evolusi SARS CoV-2.

Penelusuran Jejak Virus Melalui Urutan Genomnya

Kumpulan urutan genom virus dapat digunakan sebagai model evolusi urutan genom untuk memprediksi sejarah virus. Mulai dari untuk mengetahui seberapa cepat mutasi terjadi, di negara mana mutasi terjadi, hingga mengetahui gen mana yang bermutasi. Seperti analisis real-time yang dapat diakses melalui Nextstrain.org yang memungkinkan masyarakat umum mengetahui berbagai informasi yang dapat diintepretasikan dari simulasi.

Baca juga:

Analisis data urutan genom melalui simulasi real time Nexststrain.org oleh Bitroopers FTb Gambar 3. Analisis salah satu data sampel urutan genom oleh Eijkman melalui Nextstrain.org oleh Bitroopers FTb

Kumpulan Urutan Genom dan Tantangan Selanjutnya

Tantangan selanjutnya adalah memanfaatkan informasi berupa karakteristik virus hasil penyelidikan sejarah evolusi virus di Indonesia, selain memperbanyak sekuensing genom dengan sampel asal Indonesia. Baik untuk pengembangan produk sebagai langkah pencegahan berupa vaksin, penusunan kebijakan publik, maupun penanganan berupa pengembangan obat. Sehingga masalah global (pandemi Covid-19) ini dapat segera berakhir dengan baik.

Referensi

[1] Eijkman. 2020. Profil Lembaga Eijkman. Diakses pada Mei 8, 2020 dari http://web.eijkman.go.id/profil/

[2] Wikipedia contributors. (2020, April 25). Data sharing. In Wikipedia, The Free Encyclopedia. Retrieved May 7, 2020, from https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Data_sharing&oldid=953115790

[3] Kontributor wikipedia. GISAID. (2020, Januari 31). Di Wikipedia, Ensiklopedia Bebas. Diakses pada Mei 6, 2020 dari https://id.wikipedia.org/w/index.php?title=GISAID&oldid=16502615

[4] Mizutani, Tetsuya, et al. Rapid genome sequencing of RNA viruses. Emerging infectious diseases 13.2 (2007): 322. Diakses pada Mei 6, 2020 dari https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2725858

[5] Moshiri, Niema. 2020. Heres how scientists are tracking the genetic evolution of covid 19. Diakses pada Mei 6, 2020 dari https://theconversation.com/heres-how-scientists-are-tracking-the-genetic-evolution-of-covid-19-134201

Septian Ulan Dini
Artikel Berhubungan:

Sponsor Warstek.com:

4 tanggapan pada “Era Berbagi Data dan Keberhasilan Eijkman Mengurutkan Genom Utuh Virus Corona Indonesia”

    1. Format MLA, kak. Saya copy langsung saat akses referensi melalui google scholar maupun wikipedia. Dengan cara meng-klik “kutip” pada bagian bawah judul di laman pencarian google scholar. Atau melalui menu “kutip halaman ini” pada laman wikipedia. Lalu di paste secara manual ke dasbor wp-admin saat membuat daftar referensi. 🙂

Yuk Ajukan Pertanyaaan atau Komentar