SARS-CoV-2 Bukti Nyata Evolusi itu Ada

Covid-19 singkatan dari Coronavirus Disease 2019 yang mengakibatkan infeksi pernapasan akut. Covid-19 disebabkan oleh virus SARS-CoV-2 yang pertama kali diindetifikasi di Kota Wuhan, Tiongkok. SARS-CoV-2 merupakan virus dari keluarga Coronaviridae. Coronaviridae sendiri memiliki genus Betacoronavirus yang dibawahnya masih terdapat 4 jenis subgenus. Pada kasus virus SARS-CoV-2 merupakan turunan dari subgenus Sarbecovirus yang berhubungan erat dengan SARS 2002/2003. Virus ini berbentuk bola pleomorfik berukuran 80-90nm dimana Asam ribonukleat dibungkus sebuah lapisan yang disebut dengan envelope, envelope tersebut terdapat Spike Glycoprotein S, Protein, dan Membrane protein.

Virus SARS-CoV-2 menggunakan Spike Glycoprotein(S) sebagai target utamanya dalam menetralisir antibodi untuk mengikat reseptor (angiotensin-converting enzyme 2/ACE2) virus pada sel manusia. Setelah Spike Glycoprotein tersebut terikat oleh reseptor maka virus akan melakukan penggabungan membran virus (membrane fusion) dan menyuntikan kode genetik virus kedalam manusia. Kode genetik tersebut akan disalin terus-menerus hingga sel manusia rusak, ketika sel tersebut rusak maka virus tersebut akan menyebar dan menginfeksi sel yang lain secara eksponensial.

Pada awal perkembangannya, virus SARS-CoV-2 ini diduga hasil dari rekombinasi dari virus RaTG13 atau virus Corona yang ada pada beberapa spesies kelelawar. Dugaan hasil rekombinasi tersebut dibuktikan dari penelitian yang dilakukan dengan berbagai metode. Metode yang dilakukan adalah dengan menginvestigasi menggunakan Recombination Detection Program 4 (RDP4) dan Simplot v3.5.1. Virus tersebut akan dikelompokkan sesuai dengan filogenetik dan bagian-bagian genomnya. Setelah di kelompokan, virus-virus tersebut akan diklasifikasikan menggunakan metode Bayesian. Hasil dari klasifikasi tersebut akan dicocokan dengan database genetik yang disediakan oleh GISAD untuk mengetahui kedekatan genetik antar virus.

Terlihat pada grafik bahwa percentage nucleotide identity antara BetaCoV-bat-RaTG13 (garis merah) dengan virus SARS-CoV (garis kuning) memiliki prosentase tinggi pada beberapa posisi genome nucleotide dengan nilai kecocokan sebesar 96.3%. Hal ini memang tidak menjawab bagaimana wabah ini bisa ditularkan kepada manusia, tetapi hipotesis bahwa SARS-CoV-2 berasal dari kelelawar sangatlah mungkin terjadi.

Virus ini hasil rekayasa manusia?

Mungkin banyak orang yang masih percaya bahwa virus ini adalah sebuah hasil dari rekayasa genetik yang dilakukan oleh negara-negara atau pihak yang berkepentingan, tetapi diluar itu ada sebuah artikel yang diterbitkan oleh jurnal Nature membantah bahwa virus tersebut adalah sebuah rekayasa genetik. Di artikel tersebut menjelaskan bahwa terjadi rekombinasi pada virus RaTG13 yang terdapat pada mamalia terbang yaitu kelelawar.

Virus RaTG13 yang di terliti terdapat pada spesies kelelawar Rhinolophus Affinis yang banyak tersebar luas diwilatah Asia Selatan, Asia Tenggara, dan Tiongkok. Penelitian yang dilakukan menemukan hasil bahwa ada kemiripan antara SARS-CoV-2 dengan RaTG13 sebesar 96.3%, tetapi peneliti meragukan bahwa Receptor Binding Domain (RBD) atau bagian duri virus yang berasal dari Rhinolophus Affinis tersebut saling terikat dengan reseptor yang dimiliki manusia yaitu Angiotensin-corverting enzyme 2 atau ACE2.

Malayan pangolins atau trenggiling merupakan dugaan selanjutnya, dimana trenggiling yang mengandung virus Coronavirus memiliki kemiripan struktur dengan SARS-CoV-2. Walaupun virus RaTG13 tetaplah yang paling dekat dengan SARS-CoV-2 diseluruh genomenya. Virus yang terdapat pada Malayan Pangolins atau trenggiling memiliki kemiripan yang kuat terutama pada Receptor Binding Domain (RBD) dengan kata lain duri yang terdapat pada virus tersebut dapat mengikat secara optimal reseptor Angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2).

Pada gambar diatas diperlihatkan perbandingan virus SARS-CoV-2, Bat-RaTG13, Trenggiling, SARS-CoV (2002/2003), dan beberapa coronavirus yang mempunyai kemiripan. Virus tersebut memiliki komponen penyusun berupa deretan asam amino yang saling mengikat. Setiap huruf pada gambar tersebut mewakili jenis asam amino, contohnya huruf ‘Y’ adalah simbol dari asam amino Tyrosine, huruf ‘L’ adalah simbol dari asam amino Leucine, huruf ‘R’ adalah simbol dari asam amino Arginine, huruf ‘F’ adalah simbol dari asam amino Phenylalanine.

Baca juga:

Satu-satunya perbedaan antara SARS-CoV-2 yang menginfeksi manusia dengan virus corona yang menginfeksi pada kelelawar dan trenggiling adalah terletak pada polybasic cleavage site. Polybasic cleavage site hanya ada pada SARS-CoV-2 yang menjangkiti manusia sedangkan betacoronavirus yang menjangkiti keleawar dan trenggiling tidak memilikinya. Polybasic cleavage site merupakan deretan asam amino yang terdiri dari RRAR. RRAR sendiri merupakan singkatan susunan asam amino yang tediri dari R= Arginine (C6H14N4O2) dan A = Alanine (C3H7NO2).

Dengan keanekaragaman coronavirus yang tedapat pada kelelawar dan hewan secara masif ditambah kurangnya sampel dan penelitian mengakibatkan wabah seperti ini seperti bom waktu yang siap meledak. Tidak dipungkiri lagi bahwa SARS-CoV-2 merupakan salah satu bentuk proses evolusi alami, dimana evolusi ini berefek pada munculnya deretan asam amino baru berupa RRAR atau yang disebut dengan polybasic cleavage site.

Sumber Refrensi:

  1. Martin, Darren P., Murel, Ben., Golden, Michael., Khoosal, Arjun., & Muhire, Brejenev. (2015). RDP4: Detection and analysis of recombination patterns in virus genomes. Virus Evolution, 1, 1. (https://doi.org/10.1093/ve/vev003)
  2. Paraskevis. D., Kostaki. E.G., Magiorkinis. G., Panayiotakopoulos. G., Sourvinos. G., & Tsiodras. S. (2020). Full-genome evolutionary analysis of the novel corona virus (2019-nCoV) rejects the hypothesis of emergence as a result of a recent recombination event. Infection, Genetics and Evolution, Volume. 79. (https://doi.org/10.1016/j.meegid.2020.104212)
  3. Ou. Xiuyuan., Liu. Yan., Lei. Xiaobo., Li. Pei., Mi. Dan., Ren. Lili., Guo. Li., Guo. Ruixuan., Chen. Ting., Hu. Jiaxin., Xiang. Zichun., Mu. Zhixia., Chen. Xing., Chen. Jieyong., Hu. Keping., Jin. Qi., Wang, Jianwei., & Qian. Zhaohui. (2020). Characterization of spike glycoprotein of SARS-CoV-2 on virus entry and its immune cross-reactivity with SARS-CoV. Nature Communication 11. Article number: 1620. (https://doi.org/10.1038/s41467-020-15562-9)
  4. Andersen. Kristian G., Rambaut. Andrew., Lipkin. W. Ian., Holmes. Edward C., & Garry. Robert F. (2020). The proximal origin of SARS-CoV-2. Nature Medicine 26. Article Number: 450-452. (https://doi.org/10.1038/s41591-020-0820-9)
  5. Robertson. David.l. (2020). nCoV’s relationship to bat coronaviruses & recombination signals (no snakes)-no evidence the 2019-nCoV lineage is recombinat. http://virological.org/t/ncovs-relationship-to-bat-coronaviruses-recombination-signals-no-snakes-no-evidence-the-2019-ncov-lineage-is-recombinant/331. Diakses pada 19 Mei 2020 pukul 3.17 WIB.

Yuda Pamungkas
Latest posts by Yuda Pamungkas (see all)
Artikel Berhubungan:

Sponsor Warstek.com:

1 tanggapan pada “SARS-CoV-2 Bukti Nyata Evolusi itu Ada”

Yuk Ajukan Pertanyaaan atau Komentar