Indeks Infeksius Varian Omicron di Berbagai Belahan Dunia

Print Friendly, PDF & Email

Penulis:

Vika Viktoria Noviyanti1, Erni Erfan2, Rusdi1, Yulilina Retno Dewahrani1

1 Pendidikan Biologi FMIPA Universitas Negeri Jakarta

2 Departemen Biologi Oral, FKG Universitas Trisakti

Email    : rusdi@unj.ac.id

Varian Omicron merupakan varian baru dari SARS-CoV-2. SARS-CoV-2 penyebab COVID-19 diketahui terus menerus mengalami mutasi pada susunan RNA. Ada empat pengklasifikasian terhadap varian yang muncul yakni Variant of Being Monitored (VBM), Variant of Interest (VOI), Variant of Concerns (VOC) dan Variant of High Consequence. Adapun mutasi yang dialami SARS-CoV-2 yang telah diketahui mengakibatkan terjadinya VBM, VOI dan VOC. VBM merupakan varian yang berpotensi berdampak pada manisfestasi klinis yang merugikan, mempengaruhi terapi dan tindakan medis lain. VOI adalah varian yang memiliki mutasi bahan genetik yang spesifik sehingga dapat menyebabkan perubahan pada hal-hal yang berkaitan dengan pengikatan reseptornya. VOC merupakan varian yang mengalami mutasi pada bagian atribut dan dapat menyebabkan penyakit yang ditimbulkan menjadi lebih parah. VOC juga mampu mempengaruhi efektifitas vaksin sehingga terjadi perubahan epidemiologi. Mutasi SARS-CoV-2 yang dikategorikan sebagai VBM meliputi varian Alpha, Beta, Gamma, Epsilon, Eta, Kappa, N/A, Zeta, dan Mu. VOI diantaranya Epsilon, Eta, Gamma, T/A, dan Zeta. Varian virus yang dikategorikan dalam kelompok VOC yaitu varian Alpha, Beta, Delta, Gamma, Epsilon dan Omicron. Varian-varian tersebut terdeteksi untuk pertama kalinya pada tanggal 29 Desember 2020 (Alpha, Beta, dan Gamma) dalam kategori VOC, 26 Februari 2021 (Epsilon, Eta, dan Zeta) dalam kategori VOI, 7 Mei 2021 (Kappa dan N/A) dalam kategori VOI, 21 September 2021 (Alpha, Beta, Gamma, Epsilon, Eta, Kappa, N/A, Zeta, dan Mu) dalam kategori VBM, 30 November 2021 (Omicron) dalam kategori VOC.3

SARS-CoV2 varian Delta muncul akibat adanya mutasi pada D614-G menjadi 614-G (pada hasil mutasi di genom 614 tidak ada asam aspartat/D). Glisin merupakan asam amino non-polar dengan rantai sampingnya yaitu atom hydrogen, sedangkan asam aspartat adalah asam amino polar dengan rantai sampingnya asam. Varian tersebut diidentifikasi pertama kali di Wuhan, CinaTerdapat temuan dari penelitian bahwa mutasi 614-G menyebar lebih cepat darippada varian virus tanpa mutasi. Varian mutasi ini diduga dapat mengubah sifat diagnostik dalam jenis test pemeriksaan dan varian ini diduga dapat berbeda dalam menanggapi terapi tertentu (strategi mitigasi)7.

blankBanyaknya kekhawatiran pun bermunculan mengenai apakah varian Omicron menular?, apakah varian terbaru ini lebih parah dari varian yang lain?, dan dapatkah vaksin mampu menghindari varian Omicron?. Varian Omicron muncul disaat kekebalan vaksin telah meningkat di dunia. Kasus varian omicron yang terjadi di Afrika Selatan sebanyak 280 kasus rata-rata Covid-19 per hari dan meningkat menjadi 800 kasus dalam seminggu.11 Kekhawatiran serius lainnya adalah varian Omicron ini sudah terdeteksi di beberapa negara, antara lain Jepang, Belgia, Botswana, Hong Kong, Australia, Belanda, Afrika Selatan, dan Israel.1

Gambar kasus SARS-CoV gelombang 1,2,3, dan 4 di Afrika Selatan.

Sumber: Karim, S., & Karim, Q. A. (2021)

Virus penyebab pandemi SARS-CoV-2, terus berkembang menjadi varian baru sejak pertama kali diidentifikasiMeskipun pemberian vaksin telah beredar secara luas tidak menutup kemungkinan beberapa varian yang muncul diduga lebih rendah dan menyebabkan penurunan perlindungan infeksi oleh vaksin. Varian Omicron terdaftar sebagai Varian of Concern (VOCs) yang memerlukan penyelidikan lebih lanjut untuk memahami sifat virus dan pengembangan terapiVarian Omicron ditemukan memiliki banyak mutasi tambahan dibandingkan dengan varian sebelumnya.2

Terdapat temuan mengenai varian Omicron yang mampu melakukan regenerasi 70 kali lebih cepat dibandingkan varian virus lainnya seperti varian virus Delta, dimana sampel tersebut diambil dari jaringan bronkus. Jenis varian ini memiliki lebih dari 30 mutasi yang mengacu pada perubahan asam amino dalam spike sequence, dan 15 mutasi tersebut terletak pada domain pengikat reseptor (RBD). Domain pengikat reseptor ini merupakan kunci utama dalam berinteraksi dengan sel virus yang dimediasi oleh ACE-2 reseptor. Salah satu elemen utama yang mempengaruhi infektivitas dan transmisibilitas virus adalah afinitas pengikatan antara ligan (S-protein) dan reseptor (ACE2), yang sangat ditentukan oleh interaksi di tingkat molekuler, dan pembentukan ikatan molekul. Singkatnya sementara ini varian Omicron mungkin menghasilkan lebih banyak infektivitas, dan varian Omicron masih dapat mengikat repertoar antibodi yang dihasilkan oleh beberapa dosis vaksin saat ini.2 BNT162b1 adalah vaksin mRNA hasil modifikasi nukleosida yang diformulasikan dari lipid-nanopartikel yang dapat mengkodekan domain pengikat reseptor (RBD) yakni trimerized receptor-binding domain (RBD) dari spike glikoprotein SARS-CoV-2.12 

Ilustrasi gambar yang menunjukkan distribusi residu asam amino yang bermutasi dalam varian Omicron antara S-RBD yang dikodekan oleh BNT162b1 dan ACE2. Sumber: (Kannan et al., 2022)

Ilustrasi gambar yang menunjukkan distribusi residu asam amino yang bermutasi dalam varian Omicron antara S-RBD yang dikodekan oleh BNT162b1 dan ACE2. Sumber: (Kannan et al., 2022)

 

Kinerja test PCR diketahui tidak berpengaruh terhadap varian Omicron. Hal ini disebakan Omicron merupakan “S-Gene Target Failure” (SGTF) dimana Omicron mengalami mutasi pada protein S (spike).4 Hal ini mengakibatkan jika varian Omicron di test menggunakan PCR tidak akan terdeteksi, dan hal ini perlu ditekankan akan pentingnya menggunakan test yang mampu menargetkan urutan wilayah genom yang berbeda dari urutan SARS-CoV-2 dalam mencegah hasil negative dikarenakan perubahan besar pada salah satu target saja. Lain halnya mengenai test antigen yang ditafsirkan sebagai test cepat dalam mendeteksi antigen nukleokapsid (N) dalam mencegah kesalahan lonjakan variasi protein. Namun, penggunaan deteksi antigen ini diketahui kurang efektif karena belum diketahui apakah test ini dapat mendeteksi varian Omicron. Test RT-PCR sangat direkomendasikan dalam mendeteksi adanya infeksi Omicron4.

Dalam kajian studi epidemiologi terdapat analisis retrospektif yang menunjukkan bahwa varian Omicron erat kaitannya dengan peningkatan infeksi ulang setelah terkena infeksi primer. Studi lebih lanjut akan diperlukan untuk menguji potensi keefektifan vaksin yang tersedia saat ini dari beberapa perusahaan, termasuk Pfizer-BioNTech terhadap varian Omicron. Penggunaan antibodi monoklonal dinilai merupakan pengobatan antivirus dengan tingkat kemanjuran  efektif pada pasien COVID-19. Penelitian mengenai sebagian besar antibodi monoklonal yang digunakan dalam terapi ini diharapkan mampu menargetkan RBD (domain pengikat reseptor) dari peningkatan protein SARS-CoV-2, yang banyak bermutasi dalam varian Omicron. Dampak dari setiap mutasi masih dipelajari pada efektifitas antibodi monoklonal dan kombinasi beberapa mutasi terhadap terapi in vitro Antibodi Monoklonal4.

Ilustrasi replikasi Omicron dalam bronkiolus Sumber: Guardian Graphic

Ilustrasi replikasi Omicron dalam bronkiolus Sumber: Guardian Graphic

WHO melaporkan bahwa varian Omicron kemungkinan dapat meningkatkan angka kematian sejalan dengan varian SARS-CoV-2 lainnya. Varian Omicron dapat menyebabkan gejala yang mirip dengan varian SARS-CoV-2 lainnya, seperti sakit kepala, batuk, sesak nafas, demam, kelelahan, sakit tenggorokan, nyeri otot, kehilangan indra penciuman, perasa, dan flu.5 Dilansir dari Guardian News terdapat studi analisis dari tim University of Hongkong, yang mendapatkan hasil bahwa varian Omicron memiliki pertumbuhan 10 kali lebih lambat dalam jaringan paru-paru. Hal ini disimpulkan bahwa varian Omicron memiliki tingkat keparahan penyakit yang rendah dibanding varian lainnya. 6

                             

 

Tanggal 26 November 2021 yang lalu telah dilaporkannya kasus varian virus SARS-CoV-2 yang baru, dan WHO mengumumkannya dengan nama Omicron. Kasus ini terjadi pertama kali di Afrika Selatan dengan meningkatnya kasus orang yang dites positif SARS-CoV-2.14 Awalnya, individu yang diidentifikasi terkena di Afrika Selatan adalah kelompok muda dengan gejala ringan, termasuk kelelahan. WHO menyebutkan bahwa indikasi awal menunjukkan sebagian besar kasus virus Omicron adalah ringan. Dalam data yang baru-baru ini diterbitkan, data tingkat populasi dari Afrika Selatan menunjukkan bahwa tidak seperti varian Beta dan Delta, ada peningkatan risiko infeksi ulang yang sementara terkait dengan varian Omicron.14

Statistik distribusi vaksin SARS-CoV-2 di Afrika sangat rendah. Berbeda dengan di benua Eropa dengan rata-rata 60% populasi telah menerima vaksin COVID, di Afrika hanya 5-10% populasi yang menerima dosis pertama. Tingkat penerimaan vaksin juga rendah di beberapa negara Afrika. Kurang dari seperlima masyarakat di Afrika telah diimunisasi penuh terhadap SARS-CoV-2, termasuk jutaan pekerja kesehatan dan populasi masyarakat yang rentan terkena virus. Masih banyak populasi masyarakat yang rentan terinfenksi virus karena tidak divaksinasi di seluruh dunia, dan setiap bulan ribuan orang meninggal karena varian virus SARS-CoV-2Semakin banyak SARS-COV-2 bersirkulasi dan menular, semakin banyak Variant Of Concern berkembang lebih lanjut. Pada akhirnya dapat menyebabkan varian yang resisten terhadap vaksin. Salah satu faktor penyebab munculnya VOC adalah rendahnya tingkat vaksinasi di beberapa negara berkembang, khususnya negara di benua Afrika.14

European Center for Disease Control and Prevention (ECDC) telah mencatat 337 kasus terkonfirmasi varian Omicron COVID-19 di 21 negara Uni Eropa dan European Economic Area (EU/EEA), yaitu di Austria, Belgia, Kroasia, Republik Ceko, Denmark, Estonia, Finlandia, Prancis, Jerman, Yunani, Islandia, Irlandia, Italia, Latvia, Liechtenstein, Belanda, Norwegia, Portugal, Rumania, Spanyol, dan Swedia. Selain itu, kasuskasus tersebut dikonfirmasi memiliki riwayat perjalanan ke negara-negara Afrika.13

Terdapat kasus infeksi terobosan SARS-CoV-2 dengan beberapa karakteristik unikKasus ini terjadi pada pasien multiple myeloma yang kompleks secara imunologis yang diduga memiliki gejala yang lebih parah, hal ini dapat terjadi mungkin karena inokulum virus yang tinggiPenyebabnya adalah varian B.1.628 SARS-CoV-2 yang bermutasi secara ekstensif, menampilkan mutasi lonjakan N440K dan E484Q. Karena varian SARS-CoV-2 terus menyimpang dan mengembangkan mutasi yang lolos dari kekebalan yang sudah ada sebelumnya, infeksi semacam ini dapat menjadi hal biasa di setiap pasien yang mengalami gangguan sistem kekebalanPada akhirnya mereka akan mendapat manfaat dari vaksinasi ulang

, dan infus antibodi profilaksis untuk mengurangi tingkat paparan SARS-CoV-2.15

Para ilmuwan di Imperial College London memperkirakan bahwa orang yang terinfeksi omicron 15-20% lebih kecil kemungkinannya untuk dirawat di rumah sakit secara keseluruhan dan 40-45% lebih kecil kemungkinannya untuk dirawat semalaman dibandingkan orang yang terinfeksi varian delta. Angka tersebut didasarkan dari analisis yang dilakukan dalam dua minggu pertama bulan Desember yang melibatkan 56.000 kasus omicron dan 269.000 kasus varian delta. Laporan data dari Afrika Selatan secara konsisten mencatat tingkat rawat inap infeksi akibat varian Omicron lebih rendah dibandingkan dengan infeksi yang disebabkan oleh varian Delta, yang saat ini menjadi kasus yang sebagian besar terinfeksi SARS-CoV-2 secara global. Pada 14 Desember, perusahaan asuransi kesehatan swasta Afrika Selatan Discovery Health di Johannesburg mengumumkan bahwa risiko rawat inap telah turun 29% di antara orang yang terinfeksi Omicron, dibandingkan dengan orang yang terinfeksi varian sebelumnya.9

Foto: Tangkapan layar data kasus Varian Omicron Sumber: GISAID

Foto: Tangkapan layar data kasus Varian Omicron Sumber: GISAID

 

 

 

 

 

Kasus Covid-19 varian Omicron pertama kali ditemukan di Indonesia pada 16 Desember 2021. Omicron ditemukan pada petugas kebersihan Rumah Sakit Darurat Covid-19 Wisma Atlet, Jakarta. Pemerintah merespons temuan itu dengan melakukan lockdown terhadap sejumlah area di Wisma Atlet. Pemerintah juga melarang kedatangan warga negara asing dari Afrika Selatan, Botswana, Namibia, Zimbabwe, dan negara sekitar Afrika Selatan termasuk, Inggris, Denmark dan Norwegia9. Lembaga independen internasional Global Initiative on Sharing All Influenza Data (GISAID) mencatat 47 kasus baru Covid-19 varian Omicron di Indonesia. Data tersebut dicantumkan dalam situs resmi mereka gisaid.org. Dalam situs, Indonesia masuk dalam 89 negara yang sudah melaporkan Covid-19 varian Omicron. Indonesia menempati urutan ke-29 dalam 47 jumlah kasus yang terhitung di tanggal 29 Desember 2021.8

Hal ini telah memicu saran bahwa Omicron menyebabkan penyakit yang lebih ringan daripada varian sebelumnyaTetapi para peneliti mengatakan terlalu dini untuk memastikan, dan rincian metodologis utama dari penelitian itu belum dipublikasikanRincian seperti itu sangat penting ketika menafsirkan data tentang tingkat keparahan penyakit, yang dapat dianalisi oleh faktor-faktor seperti kapasitas rumah sakit, usia dan kesehatan keseluruhan dari mereka yang awalnya terinfeksi, dan tingkat paparan virus corona sebelumnya.9

Akhirnya, lebih banyak penelitian diperlukan untuk memahami dengan lebih baik penularan varian virus Omicron, potensi lolosnya kekebalan, manisfestasi klinis, tingkat keparahan penyakit, dan peran tindakan pencegahan diagnostik dan terapeutik lain yang tersedia.

Daftar Pustaka

1.Adam Vaughan. Omicron emerges, New Scientist. Volume 252, Issue 3363.2021. Page 7. ISSN 0262-4079, https://doi.org/10.1016/S0262-4079(21)02140-0.
2.Bingrui Li, Xin Lu, Kathleen M. McAndrews, Raghu Kalluri. Mutations in the spike RBD of SARS-CoV-2 omicron variant may increase infectivity without dramatically altering the efficacy of current multi-dosage vaccinations. bioRxiv 2021.12.08.471688; doi: https://doi.org/10.1101/2021.12.08.471688
3.CDC. (1 December 2021). SARS-COV-2 Variant Classification and Definition. Content source: National Center for Immunization and Respiratory Diseases (NCIRD)Division of Viral Diseases. Diakses 6 January 2022. Link Sumber: https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/variants/variant-classifications.html
4.Ferré, V. M., Peiffer-Smadja, N., Visseaux, B., Descamps, D., Ghosn, J., & Charpentier, C. (2021). Omicron SARS-CoV-2 variant: What we know and what we don’t. Anaesthesia, critical care & pain medicine41(1), 100998. Advance online publication. https://doi.org/10.1016/j.accpm.2021.100998
5.Hannadev. (15 Descember 2021). Omicron Found to Grow 70 Times Faster Than Delta in Bronchional Tissue. Guardian.com. Diakses 26 Desember 2021. Link Sumber: https://www.theguardian.com/world/2021/dec/15/omicron-found-to-grow-70-times-faster-than-delta-in-bronchial-tissue
6.Hawkis, Mellisa. (16 Desember 2021). How effective are vaccines against omicron? An epidemiologist answers 6 questions. Diakses 27 Desember 2021. Link Sumber: https://theconversation.com/how-effective-are-vaccines-against-omicron-an-epidemiologist-answers-6-questions-173554
7.Ingraham, N. E., & Ingbar, D. H. (2021). The omicron variant of SARS-CoV-2: Understanding the known and living with unknowns. Clinical and translational medicine11(12), e685. https://doi.org/10.1002/ctm2.685
8.https://www.gisaid.org/. Diakes 29 Desember 2021
10.Kannan, S. R., Spratt, A. N., Sharma, K., Chand, H. S., Byrareddy, S. N., & Singh, K. (2022). Omicron SARS-CoV-2 variant: Unique features and their impact on pre-existing antibodies. Journal of Autoimmunity, 126(December 2021), 102779. https://doi.org/10.1016/j.jaut.2021.102779
11.Karim, S., & Karim, Q. A. (2021). Omicron SARS-CoV-2 variant: a new chapter in the COVID-19 pandemic. Lancet (London, England)398(10317), 2126–2128. https://doi.org/10.1016/S0140-6736(21)02758-6
12.Mulligan, M.J., Lyke, K.E., Kitchin, N. et al. Phase I/II study of COVID-19 RNA vaccine BNT162b1 in adults. Nature 586, 589–593 (2020). https://doi.org/10.1038/s41586-020-2639-4
13.Poudel, S., Ishak, A., Perez-Fernandez, J., Garcia, E., León-Figueroa, D. A., Romaní, L., Bonilla-Aldana, D. K., & Rodriguez-Morales, A. J. (2022). Highly mutated omicron variant sparks significant concern among global experts – What is known so far? Travel Medicine and Infectious Disease, 45, 102234. https://doi.org/10.1016/j.tmaid.2021.102234
14.Petersen, E., Ntoumi, F., Hui, D. S., Abubakar, A., Kramer, L. D., Obiero, C., Tambyah, P. A., Blumberg, L., Yapi, R., Al-Abri, S., Pinto, T. de C. A., Yeboah-Manu, D., Haider, N., Asogun, D., Velavan, T. P., Kapata, N., Bates, M., Ansumana, R., Montaldo, C., … Zumla, A. (2022). Emergence of new SARS-CoV-2 Variant of Concern Omicron (B.1.1.529) – highlights Africa’s research capabilities, but exposes major knowledge gaps, inequities of vaccine distribution, inadequacies in global COVID-19 response and control efforts. International Journal of Infectious Diseases, 114, 268–272. https://doi.org/10.1016/j.ijid.2021.11.040
15.Stampfer, S. D., Goldwater, M.-S., Bujarski, S., Regidor, B., Zhang, W., Feinstein, A. J., Swift, R., Eshaghian, S., Vail, E., & Berenson, J. R. (2021). Severe breakthrough COVID-19 with a heavily mutated variant in a multiple myeloma patient 10 weeks after vaccination. Clinical Infection in Practice, 13(December 2021), 100130. https://doi.org/10.1016/j.clinpr.2021.100130

Setelah selesai membaca, yuk berikan artikel ini penilaian!

Klik berdasarkan jumlah bintang untuk menilai!

Rata-rata nilai 5 / 5. Banyaknya vote: 4

Belum ada yang menilai! Yuk jadi yang pertama kali menilai!

Baca juga:
Artikel Berhubungan:

1 tanggapan pada “Indeks Infeksius Varian Omicron di Berbagai Belahan Dunia”

Tinggalkan Balasan

Alamat email Anda tidak akan dipublikasikan. Ruas yang wajib ditandai *