Pernah dengar tentang obat ini? Mungkin kurang populer dibanding dengan Oseltamivir dan Favipiravir. Harga obat ini relatif lebih mahal daripada dua obat lainnya. Apakah efektivitasnya lebih baik untuk perbaikan gejala covid-19? Bagaimana mekanisme kerja remdesivir?
Covid-19 atau SARS-Cov-2 adalah virus RNA yang di kode oleh 29 protein. Didalamnya terdapat protein struktural dan protein non-struktural. Salah satu protein non-struktural yang terpenting dan berkaitan dengan kinerja obat ini adalah RNA-dependent-RNA-polymerase (RdRp) yang bertanggung jawab terhadap replikasi virus. Remdesivir tergolong sebagai nukleosida analog yang dapat digunakan untuk treatment infeksi ebola dan menghambat RdRp MERS (Middle-East Respiratory Syndrome). Oleh karena kemampuannya ini, maka remdesivir diduga sebagai salah satu kandidat obat yang yang efektif untuk melawan covid-19 dan diteliti di era pandemi ini.
Berikut ini adalah struktur dari RdRp beserta sisi yang menjadi target kerja ikatan remdesivir. Huruf C menunjukkan struktur kimia obat remdesivir.
Pada studi perbandingan yang dilakukan antara ikatan RdRp-Apo dibanding dengan RdRp-Remdesivir diperoleh bahwa adanya remdesivir mungkin telah menyebabkan perubahan konformasi yang signifikan pada RdRp. Analisis komponen utama dilakukan untuk membantu dalam memahami perubahan yang terjadi pada saat RdRp berikatan dengan remdesivir. Namun, analisa interaksi RdRp-remdesivir juga dilakukan untuk mengetahui mekanisme efek penghambatan yang disebabkan oleh remdesivir.
Gambar diatas menunjukkan adanya ikatan hidrogen antara residu RdRp dengan remdesivir. Dimana A550 adalah sisi protein yang cocok dengan berikatan dengan remdesivir.
Berdasarkan uji kimia komputasi, konformasi remdesivir diprediksi dalam 3 bentuk saat berikatan dengan RdRp. Pada gambar 3 (C) ikatan donor-akseptor dengan jarak 3,5 Å dan sudut ikatan 120 derajat dianggap sebagai nilai ambang batas untuk perhitungan ikatan hidrogen antara remdesivir dan RdRp. Sederhananya, konformasi C adalah bentuk remdesivir yang paling stabil dalam berikatan dengan RdRp.
Konformasi gambar 3 (C) itu kemudian diuji lagi dengan lima macam bentuk konformasi RdRp diatas. Dari pengujian tersebut diketahui bahwa konformasi E adalah konformasi RdRp dengan energi interaksi terendah. Tidak hanya ikatan hidrogen yang terbentuk antara remdesivir dan RdRp. Ada juga ikatan lain seperti ikatan Van Der Waals dan pi-anion atau kation pada residu protein seperti TYR-451, LYS-540, MET-542, ARG-548, LYS-551, ARG-553, ARG-555, ALA-558, ASP-618, SER-674, ASP-761 dan GLU-811.
Remdesivir bisa digunakan untuk mengatasi covid-19 dan tipe ikatan yang dihasilkan mirip dengan ikatan favipiravir dengan covid-19 dan oseltamivir dengan covid-19. Tipe ikatan berupa ikatan hidrogen hanya saja untuk remdesivir lebih spesifik mengikat pada protein RdRp, dimana ini adalah enzim kunci untuk duplikasi. Perlu diingat bahwa keterbatasan dalam in silico tidak dapat diabaikan dan tidak dapat menggantikan uji klinis yang sebenarnya.
Sumber:
- https://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2020/ra/d0ra04743k#!divAbstract diakses pada 15 Juni 2021.
- https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/nejmoa2007764 diakses pada 15 Juni 2021.
- https://warstek.com/oseltamivir-vs-covid-19/ diakses pada 15 Juni 2021.
- https://warstek.com/favipiravir/ diakses pada 15 Juni 2021.